Tot aan 1937 vloog de Marine Luchtvaartdienst (MLD) nog met verouderde Fokker S.III (S-3) lestoestellen. Deze waren toen zeer verouderd en vervanging was noodzakelijk. Men vond de vervanger in de Fokker S.IX. De eerste vlucht met dit type had op 1 november 1937 plaatsgevonden en naast de MLD bestelde ook de LVA deze toestellen. Het enige verschil tussen de twee versies was de motor. De MLD versie bezat een Menasco Buccaneer terwijl de LVA koos voor de Armstrong Siddeley "Genet Major".
De LVA toestellen ontvingen de registratie 31 t/m 50. De 50 werd niet meer voor de Duitse inval geleverd en de 39 werd in een ongeval vernield. Hierdoor waren er ten tijde van de Duitse inval 18 van deze vliegtuigen in dienst. De 31 bevond zich op vliegveld Haamstede en werd bij het eerste Duitse luchtoffensief vernield.
De overige toestellen stonde bij de vliegschool op vliegveld Souburg in Zeeland. Toen het duidelijk was dat Nederland moest capituleren, nam de volledige vliegschool, inclusief vliegtuigen de wijk naar Frankrijk. Onderweg gingen de 37, 38 en 46 verloren. De rest bereikte Caen. Hier liet men de vliegtuigen achter en vluchtte naar Engeland alwaar men de basis vormde voor de Nederlandse RAF-squadrons.
De MLD kocht 15 toestellen en registreerde ze onder de nummers S-20 t/m S-34. Ze werden in 1938 geleverd.
De toestellen van de MLD werden tijdens de meidagen van 1940 alle op vliegbasis De Kooy bij Den Helder door Duitse bombardementen of door eigen personeel vernield.

Technische gegevens:

	Model:	Fokker S.IX
	Taak:	Lestoestel
	Bemanning:	2
	Afmetingen:	Spanwijdte: 9,05m Lengte: 7,80m
	Gewicht:	Leeggewicht: 685 kg Geladen gewicht: 975 kg
	Prestaties:	Max. snelheid: 190 km/u Kruissnelheid: 160 km/u Plafond: 4500 m Bereik: 750 km
	Motor:	Armstrong Siddeley Genet Major IA van 165pk (LVA) Menasco Buccaneer (MLD)
	Bewapening:	geen
	Productie:	20 (LVA), 15 (MLD) en 3 particulier.